Rafael Kubelík, po wielu latach spędzonych na emigracji, powrócił do Pragi w 1990 roku. Pierwsze słowa wypowiedziane przez niego po powrocie były pełne emocji: „Czekałem na ten moment z ogromną niecierpliwością i wierzyłem, że wreszcie się doczekam”. Na festiwalu Praska Wiosna poprowadził koncert inauguracyjny, na którym orkiestra ponownie zagrała „Moją ojczyznę” Bedřicha Smetany. Kubelík prowadził orkiestrę do listopada 1991 roku, kiedy podczas trasy koncertowej w Japonii dyrygował swój ostatni koncert.
Czasy Bělohlávaka i Byczkowowa Po odejściu Kubelíka orkiestra przez kilka lat zmagała się z częstą zmianą dyrygentów. Stabilizacji i nowej wizji artystycznej doczekała się dopiero w 2012 roku, kiedy dyrygentem głównym został Jiří Bělohlávek. Pod jego kierownictwem orkiestra ponownie ożyła na międzynarodowej scenie muzycznej, m.in. dzięki nagraniom kompletnej twórczości symfonicznej Antonína Dvořáka. Po śmierci Bělohlávka kierownictwo przejął Siemion Byczkow – który kontynuuje budowanie prestiżu orkiestry, poszerza jej repertuar o nowe utwory oraz zaprasza do współpracy światowej klasy artystów.