Produkcja nowego pistoletu została uruchomiona w październiku 1996. Pierwsza wersja miała kaliber 9 mm Parabellum, ale już w styczniu 1997 roku rozpoczęto produkcję wersji kalibru .40 S&W.
W 1997 pojawiły się dwie nowe wersje P99 różniące się konstrukcją mechanizmu spustowego: z mechanizmem spustowym z wyłącznym częściowym samonapinaniem (P99 QA) oraz z mechanizmem spustowym tylko podwójnego działania (P990). W związku z wprowadzeniem tych wersji oznaczenie pierwszej wersji z mechanizmem spustowym SA/DA zmieniono na P99 AS (Anti-Stress).
Nowy pistolet szybko okazał się rynkowym sukcesem. Został przyjęty do uzbrojenia policji w kilku niemieckich krajach związkowych. Od 2001 roku został przyjęty także do uzbrojenia polskiej policji, a jego montaż, a następnie produkcję uruchomiono w Zakładach Mechanicznych „Łucznik” (obecnie Fabryka Broni Radom)Remigiusz Wilk: 10 tysięcy P99 dla Policji, "Broń i Amunicja" nr 03/2013, ss.18-20. Do samego 2013 r. wyprodukowano w Polsce ponad 105.000 P99. Pistolety produkowane w Polsce różnią się technologią wykonania niektórych części, np.