lufa kuta jest na zimno.
Na przełomie lat 2003/2004 miała miejsce modernizacja, w wyniku której umieszczoną pod lufą szynę przeznaczoną do montażu akcesoriów skonstruowaną w przedsiębiorstwie Walther zastąpiono nową zgodną ze standardem Picatinny, zwiększono powierzchnię rowkowanej części zamka (ułatwiającą przeładowanie) oraz poprawiono konstrukcję mechanizmu spustowego, co miało poprawić charakterystyki jego pracy. Zmieniono także przyrządy celownicze (z wykonanych z tworzywa sztucznego na metalowe, policjanci skarżyli się, że ulegają one deformacji podczas pracy w terenie).
P99 stał się podstawowym pistoletem służbowym polskiej Policji – w 2012 r. było ich 69.000 sztuk, przy tym w 2013 r. rozstrzygnięto kolejny przetarg na 10.000 sztuk.
Wersje P99 AS – wersja z mechanizmem spustowym SA/DA P99 DAO (dawniej oznaczana jako P990) – wersja z mechanizmem uderzeniowo-spustowym DAO P99 QA – wersja z mechanizmem spustowym z wyłącznym częściowym samonapinaniem P99 C AS – wersja kompaktowa z mechanizmem spustowym SA/DA P99 C DAO – wersja kompaktowa z mechanizmem spustowym DAO P99 „Rad” – wersja opracowana w Polsce przez Fabrykę Broni „Łucznik” P99 P.A.K. – wersja gazowa, zasilana nabojem 9mm P.A.