General der Infanterie), a w 1902 roku został mianowany dowódcą 9. Korpusu z siedzibą w Josephstadt. W 1905 roku, po otrzymaniu stopnia generała artylerii (niem. Feldzeugmeister), powierzono mu funkcję ministra wojny Przedlitawii (niem. Cisleithanien), a rok później został ministrem wojny dualistycznej monarchii. Podczas pełnienia przez von Schönaicha stanowiska szefa Kriegsministerium przeprowadzono reformy systemu żywienia w armii oraz rozpoczęto modernizację twierdz. Z jego inicjatywy wprowadzono system opieki dla wdów i sierot oraz rekompensaty dla rodzin rezerwistów. Przygotowano również nowy kodeks karny wojskowy, ale ostatecznie tylko jego fragment został zaimplementowany. W 1907 roku ugiął się pod żądaniami parlamentu węgierskiego i wydał zgodę na utworzenie Królewsko-węgierska Obrona Krajowa, czyli częściowo niezależnej armii węgierskiej. Tą decyzją naraził się następcy tronu, arcyksięciu Franciszkowi Ferdynandowi, któremu dopiero w 1911 roku udało się usunąć von Schönaicha ze stanowiska ministra wojny. Po wybuchu I wojny światowej utworzył Fundusz Wdów i Sierot Wojskowych (niem. Militär-Witwen- und Waisenfonds), który gromadził środki na rzecz rodzin ofiar Wielkiej Wojny. Od 1903 roku był szefem 74. Pułku Piechoty.