Jednakże pod koniec XVIII w., w ramach reform józefińskich erem rozwiązano, a teren dostał się w ręce prywatne. Dopiero w połowie XIX wieku nowi prywatni właściciele odnowili kościół i w rok 1852 dokonano jego powtórnego poświęcenia. Dnia 23 III 1906 roku kościół na Kahlenbergu przejęli rezydujący w Wiedniu XX. Zmartwychwstańcy. Pierwszym rektorem kościoła z ramienia zmartwychwstańców został ks. Jakub Kukliński (1871–1946), który sprawował ten urząd do roku 1923. Z jego inicjatywy kościół, będący w opłakanym stanie, odbudowanoNa temat historii kaplicy i jej wcześniejszego wystroju zob. J. Wolańska, Dzieje dekoracji kaplicy Sobieskiego przy kościele na Kahlenbergu w Wiedniu, „Sacrum et Decorum”, X, 2017, s. 67–86 (https://repozytorium.ur.edu.pl/server/api/core/bitstreams/89f810f1-712f-4bd7-83d2-3c446e83e8f0/content).. Wtedy też zaplanowano udekorować kaplicę malowidłami ściennymi, które w roku 1911 na życzenie ks. Kuklińskiego zaprojektował Józef Mehoffer (szkice zachowane w zbiorach Muzeum Narodowego w Krakowie, Oddział Dom Józefa Mehoffera)Na temat projektów Mehoffera, zob. B. Studziżba-Kubalska, W dialogu z literacką i malarską tradycją. Józefa Mehoffera projekty dekoracji malarskiej kaplicy Jana III Sobieskiego w kościele św. Józefa na Kahlenbergu, 1911–1914, „Sacrum et Decorum”, XII, 2019, s.