Grzbiet zwierzęcia pokrywa futro barwy ochrowego brązu bądź czerwonego brązu. Pośrodkowo przedziela je ciemna pręga. Zdarzają się niemniej populacje o ciemnych końcówkach włosów. Z kolei brzuszna strona ciała zabarwiona jest ochrowo. Futro zmienia się zimą, kiedy jest bardziej szarawe na grzbiecie i piaskowe bądź jasnopłowe na brzuchu. Na szyi w okolicy obecnego tam gruczołu występują włosy koloru brązowego.
Średniej wielkości czaszka, opisywana jako korpulentna, cechuje się oddzielnymi otworami podniebiennym i przysiecznym, podobnie zresztą jak szczekuszki północnej czy też jenisejskiej. Występuje średniej wielkości puszka słuchowa. Od szczekuszki północnej można odróżnić szczekuszkę mandżurską po wyższej żuchwie. Zwierzę to ma zaokrąglone uszy o białych końcach.
Systematyka thumb|left|Szczekuszkę mandżurską opisano jako podgatunek wyżej widocznej szczekuszki północnej Szczekuszka mandżurska opisana została po raz pierwszy w 1909 roku przez Thomasa. Zaliczył on ją do rodzaju Ochotona, znanego dzisiaj jako szczekuszka, i do podrodzaju Pika. Nie uznał jej jednak za odrębny gatunek, ale za podgatunek w obrębie gatunku Ochotona hyperborea, czyli szczekuszka północna. Jako miejsce typowe Thomas podał „Khingian... [ Wielki Chingan ] w punkcie przecięcia łańcucha przez Kolej Syberyjską”.