Miejsce to identyfikuje się jako Bokhedu w powiecie Yakeshi w prefekturze Hulun Buir w Mongolii Wewnętrznej.
Późniejsze badania genetyczne dotyczące DNA jądrowego i mitochondrialnego potwierdziły przynależność szczekuszki mandżurskiej do podrodzaju Pika. Należy do niego także i szczekuszka północna. Obecnie zwierzę uznaje się za osobny gatunek w obrębie tego podrodzaju. Pozostaje on jednak blisko spokrewniony ze wspomnianą szczekuszką północną, a także ze szczekuszką skalną.
Przynależność konkretnych populacji budziła jednak wątpliwości, a trzy populacje tegoż gatunku umieszczano w odrębnych gatunkach. Tak więc populację zamieszkującą Wielki Chingan uważano za podgatunek szczekuszki północnej. Te z Małego Chinganu uznawano za podgatunek szczekuszki północnej w pismach autorów rosyjskich, a szczekuszki ałtajskiej u autorów chińskich. Używali oni miana O. alpina cinerofusca. Natomiast zwierzęta znad rzek Argun i Szyłka uznawano za należące do jednego z podgatunków szczekuszki ałtajskiej. Jednakże badania morfologiczne, a częściowo także genetyczne i bioakustyczne wskazały, że wszystkie trzy należą do tego samego gatunku. Jego odrębność potwierdzono na południe od Amuru, podczas gdy na północ od rzeki żyje szczekuszka północna.