Eine Analyse der europäischen Aufklärung und der geistigen Entwicklung von Hölderlin, Schelling und Hegel bis 1802. Okres studiów w Niemczech poświęcił na badania nad filozofią, historią nowożytną oraz naukami politycznymi. Współpracował w tym czasie z czołowymi niemieckimi historykami takimi jak Werner Conze czy Reinhart Koselleck. Był stypendystą greckiego oraz niemieckiego DAADP. Kondylis, 2008. O Panajotis Kondylis aftobiografoumenos, Ileiaki Epitheorisi, 19, s. 2–4..
Po ukończeniu studiów Kondylis kontynuował badania, dzieląc czas między Heidelbergiem a Atenami. Pracował jako niezależny badacz. Ubiegał się w roku 1980 o stanowisko wykładowcy na Uniwersytecie Kapodistriasa, ale konkurs unieważnionoM. Meletopoulos, 2014. Stoicheia gia ton wio tou Panajoti Kondyli, Neos Ermis o logios, 10, s. 79.. Był inicjatorem i redaktorem dwóch serii wydawniczych greckich wydawnictw Themelio i Gnosis. Współpracował jako felietonista m.in. z Frankfurter Αllgemeine Ζeitung. Jego artykuły ukazywały się także w innych gazetach i periodykach niemieckich i greckich.