Okres wileński 1 kwietnia 1938 przeszedł do pracy na Uniwersytecie Stefana Batorego (USB) w Wilnie na stanowisko kierownika Katedry i Zakładu Mikrobiologii. Jednocześnie został mianowany profesorem nadzwyczajnym bakteriologii na Wydziale Lekarskim USB. Od 1940 należał do Związku Zawodowego Pracowników Sanitarnych dla Wileńszczyzny.
Po wybuchu II wojny światowej, kiedy decyzją władz litewskich uczelnia została zamknięta, od stycznia 1940 był kierownikiem laboratorium w szpitalu na Antokolu. W październiku na polecenie władz Litwy Sowieckiej skierowany został do pracy w Państwowym Zakładzie Higieny w Kownie. Pracował tam jako lekarz, a następnie jako zastępca dyrektora do połowy października 1942. W 1944 został członkiem Związku Zawodowego Pracowników Służby Zdrowia.
Jednocześnie brał udział w organizowaniu, kierowaniu i prowadzeniu Tajnego Wydziału Lekarskiego w Wilnie. Od 1942 był dziekanem Tajnej Rady i Rady Ścisłej Wydziału. Wykładał mikrobiologię i propedeutykę medycyny.