W 1942 roku, po wydaniu Dyrektywy Stawki nr 227 (ros. Директива Ставки ВГК №227) z 28 lipca 1942 roku, na mocy której utworzono bataliony karne, oddziały zaporowe były również używane w celu zapobiegania wycofywaniu się lub dezercji oddziałów karnych. Personel karnych jednostek wojskowych był zawsze zabezpieczony od tyłu przez oddziały zaporowe NKWD, a nie te tworzone przez zwykłą piechotę Armii Czerwonej.
Raport do Komisarza Generalnego Bezpieczeństwa Państwowego (szefa NKWD) Ławrientija Berii z 10 października 1941 roku odnotował, że od początku wojny oddziały zaporowe NKWD zatrzymały łącznie 657 364 wycofujących się szpiegów, zdrajców, podżegaczy i dezerterów, z czego 25 878 zostało aresztowanych (a z tej liczby 10 201 zostało skazanych na śmierć przez sąd wojskowy, reszta powróciła do czynnej służby).
Rozkaz nr 227 przewidywał również pojmanie lub rozstrzelanie „tchórzy” i uciekających spanikowanych oddziałów na tyłach przez oddziały zaporowe, które w ciągu pierwszych trzech miesięcy rozstrzelały 1000 żołnierzy oddziałów karnych i wysłały kolejnych 24 993 ludzi do tych karnych jednostek