Najszerzej dyskutowana jest przenoszalność. John McPeck (1981) twierdził, że ogólne umiejętności myślenia nie istnieją, gdyż myślenie zawsze dotyczy jakiejś dziedziny, więc nauczanie go jako osobnego przedmiotu jest bezcelowe. Krytycy, tacy jak Harvey Siegel i Robert Ennis, wskazywali kontrprzykłady, panuje jednak zgoda, że krytyczne myślenie o dowolnym temacie wymaga wiedzy z danej dziedziny, a dowody na skuteczny transfer między dziedzinami są skąpe.
Podnoszony bywa również zarzut stronniczości samej teorii i dydaktyki, które miałyby faworyzować pewne sposoby poznania (dystans wobec przedmiotu, analizę argumentów) kosztem innych (emocji, intuicji, zaangażowania), wiązane z dominującą płcią lub kulturą.
Krytykowane są wreszcie testy krytycznego myślenia. W użyciu jest kilka różnych narzędzi (m.in. Watson-Glaser, testy Cornella, California Critical Thinking Skills Test), a ich stosowanie do oceny efektów kształcenia bywa kwestionowane, ponieważ testy nie uwzględniają sporów o samo pojęcie, nie są w pełni trafne ani rzetelne i nie mierzą umiejętności wykorzystywanych w rzeczywistych zadaniach.