Organizacja została przekształcona 1 kwietnia 1941 roku i zatrudniała polski personel, tworząc sześć wydziałów dla poszczególnych gatunków zwierząt. Dewizą pracowników Naczelnego Związku było opracowanie takich zasad organizacji hodowli, aby były przydatne w przyszłej pracy hodowlanej w Polsce po wyzwoleniu. System stworzony wówczas został faktycznie przejęty przez polską administrację tuż po zakończeniu działań wojennych.
Okres powojenny Po II wojnie światowej nastąpiło przywrócenie przedwojennej struktury organizacji hodowli. Przy Izbach Rolniczych, które podjęły działalność z końcem 1945 roku, utworzono związki hodowlane i zaczęto organizować kontrolę mleczności oraz wpisy do ksiąg zarodowych.
Niestety, ta sprawdzona organizacja została zlikwidowana wskutek wchłonięcia przez Związek Samopomocy Chłopskiej i przejęcia przez niego całego zakresu prac hodowlanych. Nastąpiła likwidacja związków hodowców bydła, a w ich miejsce utworzono zrzeszenia producentów, które także wkrótce uległy likwidacji.