Jego wkład w walkę o niepodległość Filipin nie ograniczał się przy tym do sfery politycznej. Był bowiem wojskowym, generałem armii rewolucyjnej. Jego szybki awans nie wynikał jedynie z bliskiego pokrewieństwa z jednym z najważniejszych przywódców rewolucji. Wpisywał się także w trend wręczania awansów wyjątkowo młodym wojskowym, którzy następnie pełnili wysokie stanowiska dowódcze tak podczas samej rewolucji filipińskiej, jak i późniejszego konfliktu ze Stanami Zjednoczonymi. Baldomero nie był przy tym najmłodszym dowódcą filipińskim wymienianym w źródłach. Za takowego uznaje się Manuela Tinio, zaledwie dziewiętnastoletniego w chwili awansu. Odznaczył się między innymi w bitwach pod Binayakan i Dalahican, pod Zapote, pod Salitran oraz w bitwie pod Alapan. Ta ostatnia poprzedzała bezpośrednio deklarację niepodległości Filipin z 12 czerwca 1898. Brał udział również w wojnie amerykańsko-filipińskiej. 20 maja 1899 mianowano go naczelnym dowódcą oddziałów filipińskich obecnych na południu Luzonu. Odpowiadał również za funkcjonowanie administracji cywilnej na tym obszarze. Poddał się Amerykanom 29 kwietnia 1901.