Do momentu zawarcia pokoju zdążył się dosłużyć stopnia generała porucznika Sił Zbrojnych Pierwszej Republiki Filipińskiej.
Życie po wojnie, śmierć i pochówek Po zakończeniu działań wojennych Baldomero początkowo wycofał się z życia publicznego, uprawiał palmę kokosową w swym gospodarstwie w Silag w prowincji Cavite. Później włączył się w działalność środowisk kombatanckich. Założył oraz został pierwszym przewodniczącym Stowarzyszenia Weteranów Rewolucji. Stał na jego czele od 13 października 1912 aż do swej śmierci.
Zmarł przedwcześnie. Zmagał się z reumatyzmem oraz niewydolnością mięśnia sercowego. Podobnie jak w przypadku daty narodzin Aguinaldo, również dokładna data jego zgonu jest niejasna. Wedle niektórych źródeł śmierć polityka nastąpiła 4 lutego 1915. Inne mówią o 6 lutego 1915. Jeszcze inne podają w tym kontekście datę 14 lutego 1915. Zmarł w Manili. W uroczystościach żałobnych wzięło udział wielu istotnych przedstawicieli filipińskiej elity, w tym Gregorio Aglipay, i Mariano Ponce. Pochowany został 21 lutego 1915. Pogrzeb zgromadził wielkie tłumy. Ciało złożono pierwotnie na North Cemetery w stolicy.