W listopadzie 1940 roku ulica w całości znalazła się w granicach warszawskiego getta. Na rogu ulicy Bonifraterskiej znajdowała się (do czerwca 1942 roku) jedna z bram dzielnicy zamkniętej. Ulicą kursowały gettowe linie tramwajowe „28“ i „29”, a od lutego 1941 roku jedyna linia uruchamiana w dzielnicy zamkniętej oznaczona Gwiazdą Dawida. W czerwcu 1942 roku z getta wyłączono obszar między ulicami: Bonifraterską, Muranowską, Pokorną i Żoliborską. Do opuszczonych przez ok. 7600 Żydów budynków wprowadzili się Polacy, a na tym odcinku ulicy wzniesiono mur getta. Po wielkiej akcji deportacyjnej latem 1942 roku ulica znalazła się w tzw. getcie szczątkowym, w jego największej części nazywanej gettem centralnym.
Ulica i plac Muranowski były miejscem walk w pierwszych dniach powstania w getcie w kwietniu 1943 roku. Ta część dzielnicy zamkniętej była broniona przez żołnierzy Żydowskiego Związku Wojskowego (ŻZW), którego kwatera główna mieściła się w kamienicy nr 7/9. W niej był skoszarowany największy oddział żołnierzy ŻZW; kwaterowali oni także w sąsiednich domach początkowego odcinka ulicy. Kamienica nr 7/9 była połączona podziemnym tunelem, wykopanym pod ulicą przez żołnierzy ŻZW, ze znajdującą się naprzeciwko po stronie aryjskiej kamienicą nr 6;