W jej wnętrzu Więzień przypadkowo przewraca płonący żyrandol, alarmując trzech wrogich wojowników o imionach Calliope, Euterpe i Kleio, którzy są sługami Królowej. Cała trójka ściga Więźnia na szczyt płonącej latarni morskiej, gdzie zostają przez niego pokonani w walce. Następnie Więzień wchodzi do górnych komnat latarni morskiej, aby zapalić jej światło, lecz wówczas pojawia się Królowa i wzywa go na pojedynek. Więzień zwycięża Królową, po czym zrzuca ją z balkonu latarni morskiej, co powoduje eksplozję i aktywuje latarnię. Więzień używa światła latarni, aby przyciągnąć statek przepływający obok wyspy.
Rozgrywka Dead Cells to dwuwymiarowa gra z przewijanym ekranem, stanowiąca połączenie gatunków roguelike i Metroidvania. Gracz kieruje Więźniem, amorficzną istotą podróżującą po wyspie pełnej zmutowanych potworów. Po śmierci gracza wszystkie zdobyte bronie i ulepszenia zostają utracone, z wyjątkiem kilku permanentnych przedmiotów. Dostępne bronie to głównie miecze, łuki, tarcze oraz rozmieszczalne pułapki, które ranią przeciwników zbliżających się do nich. W trakcie walki Więzień może unikać ataków przeciwników lub przeskakiwać nad nimi. Unik wykonany w stronę wroga pozwala przemknąć obok niego i zaatakować od tyłu.