W czerwcu 1999 r. sanktuarium i pomnik przeszły pod władanie diecezji Setúbal, która natychmiast rozpoczęła prace nad renowacją sanktuarium. Władze miejskie były odpowiedzialne za prace, które rozpoczęły się w maju 2001 r. i miały na celu oczyszczenie terenu i reorganizację przestrzeni publicznej pod nadzorem technicznym Wydziału Nauk i Technologii Uniwersytetu Nova w Lizbonie. Po zakończeniu prac renowacyjnych pomnik został ponownie otwarty podczas uroczystej ceremonii 1 lutego 2002 r. Ze względu na jego znaczenie krajowe, Konferencja Biskupów Portugalii ustaliła, że ofiary zebrane w całym kraju 23 listopada 2003 r. zostaną przeznaczone na renowację. mały|lewo|Widok na Chrystusa Króla z Lizbony Z myślą o wsparciu pielgrzymek do tego sanktuarium, w czerwcu 2004 r. otwarto budynek rektoratu i Wieżyczkę Boskiego Serca (port. Torreão Divino Coração). Następnie, 17 maja 2005 roku, otwarto jadalnię na 150 osób i salę konferencyjną im. Jana Pawła II na 80 osób, a także tzw. Przestrzeń Młodzieży (port. Espaço Jovem), składającą się z dwóch sal, jadalni i kuchni.
25 listopada 2005 roku ponownie otwarto nowo wyremontowaną główną zakrystię w kaplicy pomnika. Znajduje się w niej oryginalna figura z pomnika autorstwa rzeźbiarza Francisco Franco.