Wyrzekł się tym samym dóbr materialnych, porzucił bliskie kontakty z własną rodziną oraz na trwałe związał swój los z organizacją, stając się tym częścią wąskiej grupy w jej ramach, która w literaturze bywa porównywana do hinduistycznego zgromadzenia monastycznego. W 1939 objął stanowisko sekretarza generalnego grupy. W czerwcu 1940 stanął wreszcie na czele Narodowej Organizacji Ochotników, zastępując wspomnianego wyżej Hedgewara. Funkcję jej najwyższego przywódcy, czyli sarsanghchalaka pełnił aż do śmierci.
Dzięki swym zdolnościom przywódczym i talentowi organizacyjnemu zdołał zatrzymać postępujący rozpad organizacji oraz wykorzenić trawiący ją w momencie przejęcia władzy fakcjonalizm. Jednocześnie dosyć szybko musiał stawić czoła egzystencjalnemu zagrożeniu nie tylko dla RSS, ale w znacznej mierze również dla wszelkich zorganizowanych przejawów hinduskiego nacjonalizmu po zabójstwie Mahatmy Gandhiego. Jego rola w fizycznej eliminacji człowieka uznawanego za ojca narodu współczesnych Indii jest trudna do zanegowania. Sugestie, jakoby Nathuram Godse, prawicowy ekstremista, który 30 stycznia 1948 zastrzelił Gandhiego, nie miał nic wspólnego z RSS, zostały jednoznacznie zdyskredytowane przez historyków. Z organizacją związany był od wczesnych lat 30.