Kościół klasztorny był częściowo rozebrany, jedynie wschodnia część wykorzystywana była do celów sakralnych.
W 1859 roku rozpoczęto badania nad ruinami kościoła. Jesienią 1863 odwiedził je pisarz Theodor Fontane, który szczegółowo opisał dawną świątynię w powieści Wanderungen durch die Mark Brandenburg. W 1871 rozpoczęto prace budowlane, a 24 czerwca 1877 konsekrowano odbudowaną świątynię. 8 lipca 1911 władze Marchii Brandenburskiej nabyły z rąk prywatnych zabudowania klasztorne i utworzyły w nim Luise-Henrietten-Stift – dom dla sióstr diakonis, nazwany imieniem żony Wielkiego Elektora. W 2005 roku założono tu Muzeum Klasztoru Cystersów Lehnin.
Kościół klasztorny Najważniejszym budynkiem kompleksu jest ceglany kościół klasztorny. Jest on wykorzystywany jako miejsce wspólnych nabożeństw dla diakonis z Luise-Henrietten-Stift oraz wiernych lokalnej parafii St. Marien Klosterkirchengemeinde Lehnin. Ma formę trójnawowej bazyliki filarowej, z transeptem i sygnaturką wznoszącą się nad skrzyżowaniem naw. Wschodnia część kościoła jest romańska, a zachodnia – wczesnogotycka. Absydę doświetlają dwa rzędy okien, zdobią ją również fryzy arkadkowe. Do obu stron absydy dostawione są kaplice boczne na planie kwadratu. Okna clerestorium zgrupowane są po dwa. Nawę główną przykrywa sklepienie krzyżowo-żebrowe.