Aby utrzymać i wesprzeć klasztor po zniszczeniach w latach 1611–1617, połączono go z klasztorem św. Jerzego (głównym klasztorem Nowogrodu). Według jednego źródła miało to miejsce w 1634 r., według innego w 1671 r. Po sekularyzacji przeprowadzonej przez Katarzynę Wielką w 1764 r. klasztor został zlikwidowany.
Klasztor został przywrócony do życia w XVIII wieku dzięki Annie Orłowej-Czesmienskiej i archimandrycie Fotijowi. Archimandryta Fiotij, będąc hieromnichem w Petersburgu, odrzucił popularną w tamtych czasach ideę bezpośredniej komunikacji między człowiekiem a Bogiem, poza wpływem Kościoła. Podjął się gruntownej renowacji klasztoru św. Jerzego i Pieryni, korzystając ze wsparcia finansowego księżnej Anny Orłowej-Czesmienskiej, swojej bogatej chrześniaczki. Początkowo Fiotij zwrócił się z prośbą o zwrot wysepki Pieryń klasztorowi św. Jerzego. Po uzyskaniu zgody w 1824 r. zorganizował gruntowny remont cerkwi na Pieryni: dokładnie odnowiono ściany wewnątrz i na zewnątrz, odświeżono wnętrze kościoła, dobudowano przybudówkę od strony zachodniej oraz wymieniono podłogę i kopułę.