Kościół został ponownie poświęcony w 1828 roku. Klasztor został rozbudowany w latach 30. XIX wieku oraz na początku lat 40. XX wieku: wzniesiono ceglane cele dla mnichów oraz dwa niewielkie budynki dla opata i archimandryty, utrzymane w tym samym stylu architektonicznym. Klasztor został wyposażony w dwa budynki gospodarcze i otoczony murem z cegły; kompleks uzupełniała dzwonnica.
W 1828 roku Fiotijowi udało się nadać klasztorowi status skitu – klasztoru o surowych zasadach, odizolowanego od świata zewnętrznego.
Klasztor został zamknięty w 1919 r. a część budynków została rozebrana.
Po zakończeniu wojny klasztor został przekształcony w sanatorium. W latach 60. XX wieku zbudowano tamę łączącą wysepkę Pieryń z lądem stałym. Zmieniło to znacznie reżim wodny, a historyczna wysepka stała się półwyspem, który tylko podczas wiosennych powodzi zamieniał się w wysepkę, a następnie we wzgórze.
W 1991 roku klasztor został przekazany Kościołowi i reaktywowany jako skit Narodzenia Narodzenia Matki Bożej należący do klasztoru św.