Jednocześnie, tego samego dnia (30 kwietnia 1562) król mianował go lekarzem miejskim Krakowa, co wiązało się z odpowiedzialnością za opiekę medyczną nad mieszkańcami miasta, doradztwem magistratowi w sprawach epidemii i higieny publicznej oraz nadzorem nad aptekami. Funkcja ta była nie tylko honorowa, ale także dochodowa i prestiżowa, przyznawana jedynie najbardziej zaufanym i najlepiej wykształconym lekarzom.
Około 1569 roku otrzymał stanowisko lekarza biskupa w Łowiczu, jednej z głównych rezydencji arcybiskupów gnieźnieńskich i prymasów Polski. Związał się z dworem prymasowskim jako zaufany medyk hierarchów kościelnych. Oprócz praktyki lekarskiej pełnił tam również urząd administracyjny – był wójtem w Łowiczu, co łączyło medyczną wiedzę z zadaniami urzędniczymi na poziomie lokalnym. Zmarł 9 lutego 1573 roku w Łowiczu, gdzie mieszkał w ostatnich latach życia.
Praktyka lekarska i dysputy naukowe Feliks z Sierpca prowadził rozległą praktykę lekarską w Krakowie i okolicach, obsługując zamożną szlachtę, duchowieństwo oraz mieszczan. Jego gabinet cieszył się wysoką renomą, a sam lekarz był wzywany do konsultacji w sprawach zdrowia prominentnych osobistości.