Równocześnie aktywnie uczestniczył w dysputach akademickich, które w XVI wieku stanowiły główną formę debaty naukowej nad metodami leczenia, koncepcjami medycznymi i rolą tradycji antycznej w nowoczesnej praktyce.
Szczególnie znany był jego spór naukowy z Stanisławem Zawadzkim (zwanym Picus), młodszym kolegą i reprezentantem nowszych tendencji w krakowskiej medycynie, późniejszym rektorem Akademii Krakowskiej. Polemika między nimi dotyczyła fundamentalnych kwestii metodologii leczenia, roli doświadczenia empirycznego wobec tradycyjnych koncepcji galeno-arabskich oraz granic stosowania dawnych autorytetów medycznych w praktyce lekarskiej XVI wieku. Spór ten znalazł wyrażenie w publikacji Feliksa pt. Examen Thematum D. Stanislai Zavacii Pici Cracovii. Anno Domini M.D.LXIII (Kraków, 1563), będącej akademicką rozprawą polemiczną, w której przedstawił argumenty obronne wobec nowatorskich, a jego zdaniem przedwczesnych poglądów młodszego antagonisty.