W latach 1976–1979 był zastępcą dyrektora Instytutu Mechanizacji Rolnictwa. W 1990 uzyskał stopień doktora habilitowanego nauk technicznych na podstawie monografii Regeneracja części maszyn - badania i podstawy realizacji na wybranych przykładach na Wydziale Maszyn Roboczych i Pojazdów Politechniki Poznańskiej.W latach 1995–2001 pełnił funkcję dyrektora Instytutu Techniki Rolniczej Akademii Rolniczej w Szczecinie. Tytuł profesora nauk rolniczych otrzymał w 1998 na wniosek Rady Wydziału Rolniczego Akademii Rolniczej w Szczecinie. W Uczelni tej był członkiem Senatu i komisji wydziałowych, a ponadto gremiów naukowych działających w ramach PAN w latach 1963–2000 oraz w radach naukowych IBMER i OBR. W 2001 przeszedł na emeryturę.
Profesor Jan Wojdak został pochowany 20 października 2023 na Cmentarzu Centralnym w Szczecinie (kw. 20A/12/23)Jan Wojdak - lokalizacja grobu na Cmentarzu Centralnym w Szczecinie (dostęp 25.10.2025).