Praca naukowo-dydaktyczna Jan Wojdak zajmował się podstawami teoretycznymi i eksperymentalnymi odtwarzania elementów maszyn, wyznaczaniem ilościowych mierników oceny skuteczności i efektywności regeneracji części, badaniem i oceną jakości ochrony przed korozją maszyn rolniczych oraz ustaleniem racjonalnej ochrony i wdrażanie do praktyki. Kierował 15 pracami naukowo-badawczymi w ramach problemów węzłowych i CPBR. Opublikował łącznie 160 prac, w tym 54 oryginalne prace twórcze, 11  podręczników i skryptów, 25 innych prac, 36 prac projektowych i doświadczalnych oraz ważniejszych ekspertyz. Jest autorem 6 patentów, 16 prac zastrzeżonych oraz 12 wdrożonych rozwiązań konstrukcyjnych i technologicznych50 lat Wydziału Kształtowania Środowiska i Rolnictwa Akademii Rolniczej w Szczecinie. Red. S. Dzienia. Dziekanat Wydziału Kształtowania Środowiska i Rolnictwa. Wyd. I. Szczecin 2004, s.70, 143. . (dostęp 25.10.2025).