W celu złudzenia normalności sytuacji, likwidacja getta przebiegała etapowo. 25 listopada 1942 r. przeniesiono część Żydów do obozu w Gęsim Borku pod pretekstem zwalczania tyfusu. Pozwolono im zabrać bagaż, a starych i chorych przewozić w wózkach. Zaledwie 3 dni później 28 listopada 1942 r. rozpoczęto ostateczną likwidację getta w Siedlcach. Naziści otoczyli mieszkańców getta i przeprowadzili na stację kolejową w pobliżu Broszkowa, jednak z uwagi na brak wagonów wszyscy wrócili do Gęsiego Borku. Część Żydów złożyła modlitwy i przygotowywała się na śmierć, większość postanowiła stawić opór. Następnego dnia przemycono narzędzia do wagonów, dzięki którym udało się wywarzyć drzwi pociągu i uciec przed hitlerowcami.
Po zakończeniu wojny Po opuszczeniu miasta przez Niemców, w październiku 1944 r. powiat siedlecki zamieszkiwało około 200 Żydów. Próbowano odbudować życie religijne oraz pochowano ciała na cmentarzu żydowskim przy ul. Szkolnej. W 1945 r. większość Żydów przeniosła się do Łodzi, by następnie przeprowadzić się do nowopowstającego Izraela. W 1946 r. przy cmentarzu postawiono tablicę pamiątkową w języku polskim, hebrajskim i angielskim. Pomnik został jednak zdewastowany.