Moduł Bio.Phylo udostępnia narzędzia do pracy z drzewami filogenetycznymi i ich wizualizacji. Obsługiwane są różne formaty plików do odczytu i zapisu, w tym , i . Typowe manipulacje i przeglądanie drzew są obsługiwane za pośrednictwem obiektów Tree i Clade. Przykłady obejmują konwersję i zestawianie plików drzew, wyodrębnianie podzbiorów z drzewa, zmianę korzenia oraz analizę cech gałęzi, takich jak długość czy wynik. (ang.).
Drzewa zakorzenione można rysować w kodzie ASCII lub za pomocą biblioteki Matplotlib (patrz rysunek 1), a biblioteka Graphviz może być używana do tworzenia układów bez korzeni (patrz rysunek 2).
Diagramy genomu thumb|300px|Rysunek 3: Diagram genów na plazmidzie pKPS77, wizualizowany za pomocą modułu GenomeDiagram w Biopythonie
Moduł GenomeDiagram udostępnia metody wizualizacji sekwencji w Biopythonie (ang.).. Sekwencje można rysować w formie liniowej lub kołowej (patrz rysunek 3), a obsługiwanych jest wiele formatów wyjściowych, w tym PDF i PNG.