Struktura makrocząsteczkowa Moduł Bio.PDB został dodany do Biopythona w 2003 roku i potrafi wczytywać struktury molekularne z plików i mmCIF. Obiekt Structure jest centralnym elementem tego modułu i porządkuje strukturę makrocząsteczkową w sposób hierarchiczny: obiekty Structure zawierają obiekty Model, które zawierają obiekty Chain, które zawierają obiekty Residue, a te z kolei obiekty Atom. Nieuporządkowane reszty i atomy posiadają własne klasy DisorderedResidue i DisorderedAtom, które opisują ich niepewne położenia.
>>>#This script parses a PDB file to print the first model’s chain IDs and extract coordinates of atoms in the 100th residue of each chain. It demonstrates navigating protein structure hierarchy and accessing specific residue data.
>>>from Bio.PDB import PDBParser
>>># Parse the PDB file >>>parser = PDBParser(QUIET=True) >>>structure = parser.get_structure("2yox", "2yox.pdb")