W latach 1958–1959 pracował w Przedsiębiorstwie Połowów Dalekomorskich i Usług Rybackich „Gryf” na statku łącznikowym „Jastarnia” najpierw jako st. marynarz, potem III i II oficer. Dyplom por. ż.m. otrzymał 17 kwietnia 1959. Na „Jastarni” pływał do 14 listopada 1959 jako II oficer. Dyplom por. ż.w. uzyskał 15 grudnia 1960. W latach 1959–1964 pływał na statkach: m/s MS Krutynia na stanowiskach III, II, I oficera i kapitana (19.07.1962–19.08.1962); SS Wieczorek jako I oficer (15.11.1962–10.01.1963); SS Zielona Góra starszy oficer (18.01.1963–07.08.1963); MS Jan Żiżka starszy oficer (22.10.1963–30.11.1964). 16 marca 1964 uzyskał tytuł kpt. ż.m. W roku 1965 otrzymał awans na kpt. ż.w. (nr 02248) i został od 11 maja kapitanem jednostki NS/S Kopalnia Wujek, gdzie był do 15 marca 1966. Stefan Lewandowski dwukrotnie uczestniczył w kursach doskonalenia oficerskiego w Wyższej Szkole Marynarki Wojennej i w roku 1964 uzyskał stopień por. mar.