W 1999 roku Sound Transit ostatecznie wybrało przebieg pierwszej linii: od dzielnicy uniwersyteckiej do lotniska Sea-Tac, z odcinkami naziemnymi przez Tukwilę, Rainier Valley i dzielnicę oraz tunelami pod , (ostatecznie pominiętym), Capitol Hill i .
Problemy budżetowe i opóźnienia Pierwotny plan zakładał otwarcie linii Central Link w 2006 roku przy koszcie 1,9 miliarda dolarów (ok. 3,5 miliarda w cenach z 2024 roku). W listopadzie 2000 roku audyt wykazał jednak znaczne niedoszacowanie kosztów. Nowy zarząd, zatrudniony przez Sound Transit w miejsce poprzedniego kierownictwa programu, przedstawił w 2001 roku zmieniony harmonogram i budżet: otwarcie przesunięto o trzy lata – na 2009 rok, a koszt oszacowano na 3,8 miliarda dolarów (ok. 6,56 miliarda w cenach z 2024 roku). Ze względu na znacznie wyższe niż zakładano oferty wykonawców, spowodowane trudnymi warunkami gruntowymi, wstrzymano projektowanie tunelu pod Portage Bay między Capitol Hill a dzielnicą uniwersytecką.