Dzięki staraniom pruskiego dyplomaty barona Christiana von Bunsena oraz Horace’a Wilsona dyrekcja Kompanii Wschodnioindyjskiej zgodziła się sfinansować wydanie Rygwedy przez Oxford University Press. Müller osiadł w Oksfordzie w 1848 roku i kontynuował badania sanskrytologiczne. W 1854 roku, po trzech latach pełnienia funkcji zastępcy profesora, objął stanowisko Taylorian Professor of Modern European Languages; wynagrodzenie wynosiło 500 funtów rocznie – połowę pensji przewidzianej dla Boden Professor of Sanskrit. Od 1855 roku był poddanym brytyjskim, a w 1858 został wybrany na wykładowcę All Souls College; według jego biografa, indyjskiego pisarza , „w owym czasie był to honor bez precedensu dla cudzoziemca”.

Trzech innych uczonych wyraziło chęć kandydowania lub zostało zgłoszonych przez innych, ale ostatecznie wycofało się przed głosowaniem. 28 maja 1860 roku w „The Times” ogłoszono kandydaturę , profesora sanskrytu w Government College w Kalkucie;