Po drugie, model zagrożenia tłumaczy odrzucanie przeszczepów jako konsekwencję uszkodzeń chirurgicznych, lecz nie wyjaśnia większej tolerancji autoprzeszczepów, czyli przenoszenia tkanek w obrębie tego samego organizmu.
Pojęcia stworzone przez Matzinger, takie jak „profesjonalna komórka prezentująca antygen”, „sygnał zagrożenia” czy „DAMPs”, są często wykorzystywane wtórnie do objaśniania klasycznego modelu self/non-self Burneta i Fernera. Immunolog Russell E. Vance argumentował, że paradygmaty immunologiczne, takie jak model zagrożenia, siłą rzeczy są uproszczonymi i niedokładnymi opisami złożonych mechanizmów kształtowanych przez presję ewolucyjną.
Kontrowersje W 1978 roku Matzinger opublikowała swój czwarty artykuł w Journal of Experimental Medicine, umieszczając jako fikcyjnego współautora swojego psa (charta afgańskiego), Galadriel Mirkwood — dzięki czemu mogła pisać tekst w liczbie mnogiej. Gdy redakcja odkryła ten zabieg, zakazano jej dalszej publikacji w tym czasopiśmie.