W celu zwiększenia niezależności zarządcy infrastruktury kolejowej oraz uniknięcia możliwych konfliktów interesów, a także wpływu na działalność zarządcy w kluczowych funkcjach, ustawodawca wprowadził obowiązek zachowania rozdziału między zarządcą infrastruktury a przewoźnikami kolejowymi, a także innymi podmiotami będącymi częścią przedsiębiorstwa zintegrowanego pionowo.
Dodatkowo, nowelizacja ustawy: zakazała łączenia funkcji członka zarządu lub rady nadzorczej zarządcy infrastruktury i przewoźnika kolejowego, zarówno w ramach przedsiębiorstwa zintegrowanego poziomo, jak i w przypadku stanowisk kierowniczych o znaczącej władzy decyzyjnej w obu tych podmiotach, zabroniła osobie pełniącej funkcję członka zarządu zarządcy infrastruktury jednoczesnego zasiadania w radzie nadzorczej podmiotu wchodzącego w skład przedsiębiorstwa zintegrowanego pionowo, który sprawuje kontrolę nad zarządcą i przewoźnikiem kolejowym, zablokowała członkom zarządu przewoźnika kolejowego zajmowanie stanowisk kierowniczych właściwych w zakresie funkcji podstawowych, ograniczyła możliwość otrzymywania wynagrodzeń lub premii zależnych od wyników finansowych przewoźnika kolejowego przez członków zarządu zarządcy infrastruktury oraz osoby pełniące funkcje kierownicze w zakresie funkcji podstawowych, jak również wynagrodzeń zależnych od wyników