Fabuła Akcja gry Frostpunk 2 osadzona jest w roku 1917, trzydzieści lat po wydarzeniach przedstawionych w pierwszej części, w świecie który wciąż pozostaje skuty lodem w wyniku globalnej katastrofy klimatycznej. Punktem wyjścia dla fabuły jest śmierć Kapitana – przywódcy, który przeprowadził ludzkość przez najtrudniejszy okres adaptacji do nowych warunków. Gracz wciela się w rolę jego następcy, tytułowego Zarządcy, przejmując kontrolę nad Nowym Londynem, który obecnie jest rozrastającą się metropolią.
Głównym motywem fabularnym jest transformacja społeczeństwa oraz konieczność znalezienia nowych źródeł energii, ponieważ zasoby węgla wyczerpują się. Nadzieją na przetrwanie okazuje się ropa naftowa, jednak jej wydobycie i wykorzystanie wzbudza kontrowersje i dzieli mieszkańców. W przeciwieństwie do pierwowzoru, w którym głównym antagonistą była Natura, w Frostpunk 2 największe zagrożenia to „ludzka natura” oraz konflikty społeczne wynikające z rosnących ambicji i różnic ideologicznych.