W 1609 r. Joachim Ocieski, kasztelan sądecki i starosta olsztyński oraz książę Janusz Ostrogski, kasztelan krakowski, w miejsce niewielkiej drewnianej kaplicy ufundowali kościół i klasztor bernardynów, szczególnych czcicieli Matki Bożej i św. Anny. Ponieważ teren, na którym miał stanąć kościół i klasztor należał do dóbr królewskich, toteż konieczne było uzyskanie zgody na fundację od króla Zygmunta III. Dokument królewski do dziś przechowywany jest w klasztornym archiwum sióstr dominikanek. W latach 1609–1617 wzniesiony został murowany kościół, przy którym zbudowano osobną kaplicę ze słynącą już cudami figurą. 27 sierpnia 1617 r. biskup Tomasz Oborski, sufragan krakowski, dokonał konsekracji nowego kościoła pod wezwaniem św. Anny. Barokowa świątynia była budowlą jednonawową, zbudowaną na planie krzyża, o półokrągłej apsydzie, z kopułą nad środkiem nawy i jedną wieżą. W 1668 r. ukończono budowę klasztoru przylegającego do świątyni. Od 1611 r. przy kościele istniało bractwo św. Anny, a w pobliżu klasztoru wyrosła niewielka osada, nazwana imieniem patronki sanktuarium. W drugiej połowie XVIII w.