w obrębie kościoła przeprowadzono prace remontowo-inwestycyjne w bardzo szerokim zakresie: dotychczasowe spróchniałe już stalle w chórze zakonnym zastąpiono nowymi, a cały kościół powiększony został o kruchtę i o nową kaplicę z ołtarzem Matki Boskiej Pocieszenia. W kaplicy św. Anny wyzłocono ołtarz i ozdobiono go lustrami. Położono też nową posadzkę w kolorach białym i czarnym (1774 r.), a dach kościoła pokryty został miedzianą blachą. Wzdłuż murów okalających plac przykościelny wzniesiono krużganki ze stacjami Drogi Krzyżowej (1777 r.). Wnętrze kościoła ozdobione zostało figuralną polichromią, przedstawiającą sceny biblijne Starego Testamentu (1782–83).
Ponieważ w XIX wieku bernardyni zaangażowali się w działalność patriotyczną, w ramach represji rosyjskich po powstaniu styczniowym klasztor został skasowany w listopadzie 1864 r. W klasztorze stacjonowało carskie wojsko, po czym 30 sierpnia 1869 r. ze skasowanego ukazem carskim klasztoru w Piotrkowie Trybunalskim przybyły do Świętej Anny siostry dominikanki. Pozbawione niemal całego mienia, zastały budynki klasztorne w opłakanym stanie. W 1881 r. wybuchł pożar, który zniszczył część kościoła i klasztoru. Na początku XX stulecia, na mocy ukazu tolerancyjnego, dominikanki otworzyły nowicjat.