W 1983 roku organizacja Environmental Protection Agency wpisała obszar dorzecza na listę priorytetów krajowych () w ramach programu , uznając go za teren o znacznym stopniu skażenia metalami ciężkimi.
W ramach podziału administracyjnego terenu objętego programem Superfund, jezioro znajduje się w strefie określanej jako "The Basin" (dorzecze), w odróżnieniu od strefy "The Box" (obejmującej tereny wokół dawnej huty w Kellogg). Nadzór nad realizacją planów naprawczych sprawują wspólnie organizacje federalne (Environmental Protection Agency), stanowe () oraz lokalne (Basin Environmental Improvement Project Commission).
Fauna Do rodzimych gatunków ryb w jeziorze Coeur d’Alene Lake należą , oraz . Przed osadnictwem europejskim gatunki te tworzyły liczne populacje i obficie występowały w zimnych, ubogich w składniki odżywcze wodach jeziora, jednak w ostatnich 150 latach w związku ze zmianami (głównie z powodu wprowadzenia gatunków inwazyjnych) zaczęło zagrażać im wyginięcie. Salvelinus confluentus występuje w zlewni jeziora (głównie w dorzeczu rzeki St. Joe) i wymaga zimnej, czystej wody oraz dostępu do dopływów w celu odbycia tarła.