50–250 n.e.).

Z niewiadomych przyczyn dalsze osadnictwo zostało przerwane lub znacząco ograniczone na około 300 lat, gdyż najstarsza ceramika odnaleziona w grupie głównej pochodzi z okresu późnoklasycznego (ok. 600–738 n.e.). Nie są jasne również powiązania między pierwszymi mieszkańcami a tymi, którzy zasiedlili je ponownie i rozpoczęli wznoszenie monumentalnych budowli na początku okresu późnoklasycznego.

Miasto funkcjonowało stosunkowo krótko, bo po około trzystu latach (między IX a X wiekiem) zostało opuszczone.

Ponieważ mniejsze ośrodki regionu La Entrada nigdy nie były w stanie całkowicie uniezależnić się od Copán, to przypuszczalnie ich upadek społeczno-polityczny nastąpił niemal równocześnie z upadkiem Copán. To z kolei sugeruje, że główną przyczyną schyłku i opuszczenia El Puente nie było przeludnienie ani degradacja ziem uprawnych wskutek nadmiernej eksploatacji, lecz konsekwencja załamania się systemu polityczno-ekonomicznego w regionie oraz upadek dynastii Copán, który doprowadził do rozpadu i dezorganizacji sieci wymiany handlowej i komunikacji.