Odkrycie i badania Stanowisko po raz pierwszy opisał duński badacz Jens Yde w 1935 roku. Sporządził wówczas jego obszerny opis oraz wykonał schematyczną mapę głównych struktur. Możliwe, że stanowisko zwane „El Chinamite” udokumentowane przez amerykańskiego archeologa Samuela K. Lothropa w 1917 roku stanowi część El Puente, na co wskazują cechy jednego z kopców oraz mapa lokalizacyjna, którą wówczas narysował, jednakże jego lokalizacja nie została jednoznacznie zidentyfikowana.

Kiedy Yde przybył na stanowisko w 1935 roku, znajdowało się ono na farmie zwanej „El Puente”, której nazwa pochodzi od pobliskiego kamiennego mostu nad rzeką Chamelecón. W swoim raporcie Yde nazwał je „El Puente”.

Kolejne badanie zostały przeprowadzone dopiero w 1984 roku, przez japońskich archeologów z Japońskiej Agencji Współpracy Międzynarodowej (JOCV) w ramach programu Japan Overseas Cooperation Volunteers (JICA). Wykonali badania i mapowanie terenu podczas pierwszej fazy Projektu Archeologicznego La Entrada (PALE I).

Podczas drugiej fazy (PALE II) w 1988 roku, przeprowadzono renowację niektórych struktur, w celu zorganizowania nowego parku archeologicznego.