W 1993 roku Zgromadzenie Ogólne ONZ, zaniepokojone tą sytuacją, wezwało do sporządzenia szczegółowego opracowania. W 1996 roku opublikowano przełomowy raport pt. Impact of Armed Conflict on Children (tzw. Raport Machel), przygotowany przez Graçę Machel (ekspertkę ONZ i byłą pierwszą damę Mozambiku). Dokument ten udowodnił, że miliony dzieci cierpią z powodu systematycznej przemocy, a dotychczasowe mechanizmy ochrony i prawa dziecka są niewystarczające.
Powołanie urzędu (1996–1997) Bezpośrednią odpowiedzią na zalecenia zawarte w raporcie była Rezolucja Zgromadzenia Ogólnego nr 51/77, przyjęta 12 grudnia 1996 roku. Na jej mocy powołano urząd Specjalnego Przedstawiciela Sekretarza Generalnego ds. Dzieci i Konfliktów Zbrojnych. Pierwszym urzędnikiem na tym stanowisku został w 1997 roku z Ugandy.
Rozszerzenie mandatu przez Radę Bezpieczeństwa (1999–2005) Kluczowym momentem w historii urzędu było włączenie tematyki dzieci do agendy Rady Bezpieczeństwa ONZ.
W 1999 roku przyjęto Rezolucję 1261, w której oficjalnie uznano, że los dzieci w konfliktach zbrojnych stanowi zagrożenie dla międzynarodowego pokoju i bezpieczeństwa.