Jego misja zakończyła się jednak porażką, w związku z czym Anglik zmuszony był powrócić do ojczyzny.
Zarysowany powyżej kontekst oraz wynikająca zeń ogromna lukratywność handlu z Indiami pozwalają zrozumieć, dlaczego Anglicy pod przywództwem Hawkinsa właściwie od samego początku musieli stawić czoła rozmaitym wyzwaniom i przeszkodom. Dodatkowo należy pamiętać, że Angielska Kompania Wschodnioindyjska w pierwszych dekadach swojego istnienia cierpiała na chroniczny brak środków oraz była kiepsko zorganizowana. Nie mogła w związku z tym zapewnić swym pracownikom potężnego wsparcia logistycznego, które później stało się kluczem do jej ogromnego sukcesu.
Hawkins bardzo szybko starł się z Portugalczykami, którzy obawiali się konkurencji angielskiej. Dwukrotnie wyszedł bez szwanku z prób zamachu na swoje życie, zorganizowanych właśnie przez przeciwników z Półwyspu Iberyjskiego. Musiał się także liczyć z rosnącymi wpływami kupców holenderskich. Wyjątkowo doskwierał mu brak kontaktów wśród miejscowych. Wpływało to zresztą nie tylko na wymianę handlową, ale również jak już wskazano na osobiste bezpieczeństwo samego podróżnika. Szybko zderzył się z mogolskim aparatem biurokratycznym. Mukarrab Chan, cesarski urzędnik celny odpowiadający za porty gudżarackie, dał mu szczególnie boleśnie odczuć swoją władzę.