Organizacja i tryb pracy Naczelna Komisja Bioetyczna obraduje na posiedzeniach, które mogą odbywać się stacjonarnie, zdalnie z wykorzystaniem środków komunikacji elektronicznej albo w drodze korespondencyjnego uzgodnienia stanowisk w szczególnie uzasadnionych przypadkach. Z posiedzeń sporządza się protokoły, a przebieg obrad jest utrwalany za pomocą urządzeń elektronicznych rejestrujących dźwięk; protokoły zawierają m.in. listę obecnych członków, porządek posiedzenia i opis przebiegu posiedzenia.
Komisja podejmuje uchwały w sprawach określonych w ustawie zwykłą większością głosów w głosowaniu jawnym, a członek Komisji nie może wstrzymać się od głosowania.
Do sporządzania ocen etycznych poszczególnych badań klinicznych przewodniczący Naczelnej Komisji Bioetycznej wyznacza spośród członków Komisji zespół opiniujący liczący od 5 do 7 osób oraz przewodniczącego zespołu; w skład zespołu wchodzi co najmniej po jednym członku spełniającym wymagania odpowiadające trzem podstawowym grupom kwalifikacji wskazanym w ustawie (medycznej, farmaceutycznej i prawnej).