Parlament Europejski wyraził sprzeciw wobec pominięcia go w procesie legislacyjnym, jednak nie dysponował instrumentami prawnymi umożliwiającymi zablokowanie rozporządzenia Rady.
W sierpniu 2025 roku Parlament Europejski wniósł skargę do Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej (na podstawie artykułu 263 TFUE) o stwierdzenie nieważności rozporządzenia SAFE, argumentując, że przesłanki zastosowania artykułu 122 TFUE nie zostały spełnione, a pominięcie PE narusza zasadę równowagi instytucjonalnej. Parlament zaznaczył przy tym, że popiera cele instrumentu, a skarga dotyczy wyłącznie ścieżki prawnej jego przyjęcia.
opisywał wybór art. 122 jako kontynuację trendu rozszerzania kompetencji kryzysowych Komisji zapoczątkowanego w czasie pandemii i kryzysu energetycznego, wskazując, że uprawnienie do oceny planów obronnych i warunkowania wypłat przenosi na szczebel ponadnarodowy decyzje dotychczas podejmowane przez ministerstwa obrony.