Z uwagi na wysokie położenie rufowych wyrzutni rakiet, wkomponowanych w bryłę hangaru, zmniejszono liczbę rufowych wyrzutni dla obniżenia środka ciężkości, powiększając za to blok rakiet w przedłużonej części dziobowej, przy czym ich ogólna liczba wzrosła z 90 do 96 (64 zamiast 29 w bloku dziobowym i 32 zamiast 61 w bloku rufowym)Liczba 96 wyrzutni rakiet jest taka sama, jak w niszczycielach typu Arleigh Burke, jednakże są one odwrotnie rozmieszczone (w Arleigh Burke 32 na dziobie i 64 na rufie) ().. Zmieniono też działo uniwersalne kalibru 127 mm włoskiej firmy OTO Melara na lżejsze amerykańskie Mk 45, w mniejszej wieży. Istotną widoczną zmianą było też zastąpienie kratownicowego masztu typu Kongō przez nowocześniejszy obudowany maszt, zbudowany z uwzględnieniem zasad stealth.
We wrześniu 2014 roku Japonia podpisała umowę z Lockheed Martin na modernizację obu okrętów typu Atago polegającą na dostosowaniu ich do 2017 roku do obrony antybalistycznej (system Aegis BMD)Według , system AEGIS BMD z pociskami SM-3 Block IIA okręty miały otrzymać dopiero podczas modernizacji rozpoczętej w 2014 roku i przewidywanej do zakończenia w 2017 roku. Podobnie podaje, że nie są prawdziwe informacje, że okręty weszły już do służby z systemem AEGIS BMD – jak twierdzi ..