Podczas służby w Auschwitz-Birkenau pozostawał w związku ze zgermanizowaną Polką – Hildegardą Klonek, planował wziąć z nią ślub. 2 października 1942 roku w Innsbrucku urodził im się syn. W związku z jego relacją z Polką Walter Dejaco złożył na niego donos do Głównego Urzędu Rasy i Osadnictwa SS, w którym przekazał, jakoby ojciec Hildegardy Klonek był funkcjonariuszem Policji Państwowej w Chorzowie.
Na początku 1943 roku Ertl poprosił o przeniesienie do jednostki bojowej, na co zgodził się jego przełożony, Karl Bischoff. 25 stycznia 1943 roku przywrócono mu stopień Unterscharführera i przydzielono do SS-Pionierschule Hraditschko. Następnie służył w 1. Zapasowym Batalionie Pionierów w Dreźnie, a później w 3. Batalionie Szkolno-Zapasowym Grenadierów Pancernych SS w Warszawie. Od 4 maja 1943 roku służył w Batalionie Pionierów Dywizji Kawalerii SS, został przydzielony do sztabu poligonu SS „Heidelager”. Najprawdopodobniej brał udział w operacjach wymierzonych w partyzantów na terenie Związku Radzieckiego i Chorwacji, w związku z czym uczestniczył w masowych mordach ludności cywilnej. Od 19 marca 1944 roku brał udział w okupacji Królestwa Węgier. Od maja 1944 roku służył w SS-Wirtschafts- und Verwaltungshauptamt na Węgrzech. 1 sierpnia 1944 roku awansowano go do stopnia SS-Oberscharführera.