Zamach stanu na Komorach w 1999 roku – wojskowy bezkrwawy zamach stanu przeprowadzony w dniach 29–30 kwietnia 1999 roku przez komoryjskich wojskowych pod przywództwem pułkownika Azali Assoumaniego. Doprowadził on do odsunięcia od władzy tymczasowego prezydenta Tadjidine Massounde, sprawującego władzę w kraju od 6 listopada 1998 roku. Zamach stanu miał na celu przywrócenie porządku i zapobieżenie dalszym atakom na mieszkańców pochodzących z wyspy Anjouan mieszkających na Wielkim Komorze. Wydarzenie to miało miejsce w trakcie kryzysu separatystycznego obejmującego wyspy Anjouan i Mohéli.
Tło W 1997 roku rozpoczął się . W sierpniu wyspy Anjouan i Mohéli odłączyły się od Wielkiego Komoru, głównej wyspy kraju i ogłosiły niepodległość. Na samej wyspie Anjouan doszło do podziału na dwie frakcje. Pierwsza z nich opowiadała się za pełną niepodległością wyspy, druga popierała autonomię w ramach Komorów. Obie frakcje zgodnie podkreślały dyskryminację gospodarczą i polityczną ze strony władz centralnych z Wielkiego Komoru. W październiku 1997 roku doszło do odparcia próby inwazji rządowej, a następnie do przeprowadzenia referendum niepodległościowego, w którym ponad 99% głosujących opowiedziało się za niepodległością wyspy.