Wskutek konfliktu między frakcjami obie rywalizujące ze sobą grupy chwyciły za broń, co doprowadziło do walk i pogorszenia się sytuacji na wyspie. Część mieszkańców Anjouanu przeniosła się na Wielki Komor.
Dzięki negocjacjom prowadzonym pod egidą Organizacji Jedności Afrykańskiej doszło do osiągnięcia porozumienia pokojowego między trzema głównymi wyspami. 6 listopada 1998 roku nagle zmarł rządzący od dwóch lat prezydent Komorów Mohamed Taki Abdulkarim. W grudniu OJA zagroziła sankcjami wobec Anjouanu, jeśli separatyści nie zaakceptują porozumienia pokojowego. Ultimatum zostało przez nich odrzucone i opowiedzieli się oni za pełną niepodległością.
Zamach stanu 30 kwietnia 1999 roku Szef Sztabu Generalnego pułkownik Azali Assoumani przejął władzę w kraju dokonując bezkrwawego przewrotu. Niedługo po zamachu stanu rozwiązał rząd i parlament, zawiesił konstytucję oraz zapowiedział utworzenie nowego rządu, złożonego „w większości z cywilów, a w szczególności młodych technokratów”. Swoją decyzję o stanięciu na czele junty uzasadnił chęcią „uratowania kraju przed chaosem”. Był to osiemnasty zamach stanu w ciągu 24 lat niepodległości Komorów. Ze względu na krytykę ze strony OJA i Francji Assoumani zdecydował się dążyć do przełamania międzynarodowej izolacji kraju.