W ciężkich przypadkach, zwłaszcza u osób z głęboką immunosupresją, możliwe jest zajęcie głębszych warstw ściany przełyku i uogólnienie zakażenia (kandydemia), prowadzące do postaci rozsianych.
W praktyce klinicznej do oceny nasilenia zmian endoskopowych stosuje się czterostopniową klasyfikację Kodsiego, opartą na liczbie i wielkości nalotów oraz obecności owrzodzeń, kruchości błony śluzowej i zwężenia światła przełyku.
Obraz kliniczny alt=Przykład zaawansowanej kandydozy przełyku|mały|Przykład zaawansowanej kandydozy przełyku Kandydoza przełyku może przebiegać bezobjawowo; w części badań, zwłaszcza w populacjach diagnozowanych endoskopowo z innych przyczyn, opisywano wysoki odsetek przypadków bez typowych dolegliwości. Do typowych objawów należą: dysfagia – uczucie utrudnionego połykania odynofagia – ból przy przełykaniu ból lub pieczenie za mostkiem nudności, niekiedy wymioty. U części chorych współistnieją objawy kandydozy jamy ustnej (pleśniawki), co może sugerować zajęcie przełyku, choć brak zmian w jamie ustnej nie wyklucza choroby.