W czasie przeprawy przez Wisłę utonął dowódca mjr Dunajewski, natomiast Zaykowski, mimo szerzących się pogłosek o jego śmierci w nurtach Wisły uratował się albo celowo zachował się w ten sposób, aby zmylić czujność wrogów. Przedostał się w bezpieczne strony, a następnie powrócił na pole walki. "Liwocz" pełnił obowiązki dowódcy pułku opatowskiego dywizji sandomierskiej w korpusie gen. Józefa Haukego-Bosaka. W lutym 1864 r. został zdegradowany przez Bosaka za zaniedbania organizacyjne. W czasie powstania Zaykowski uczestniczył w potyczkach: Krakowskie: Gace – 20.06.1863 r., Sandomierskie: Rybnica - 20.10.1863 r., Jurkowice - 21.10.1863 r., Bodziechów - 16.12.1863 r., Opatów - 12.02.1864 r.
Po wprowadzeniu w Galicji stanu oblężenia, nasiliła się akcja represjonowania działaczy powstańczych. Karol Zaykowski znalazł się wśród tych, którzy stanęli przed sądem. Po powrocie do Galicji za udział w powstaniu styczniowym, w sierpniu 1864 r. został skazany przez Sąd Wojenny w Tarnowie na 5 miesięcy więzienia.