W 1998 roku terroryści zaatakowali ambasady USA w Kenii i Tanzanii, zabijając 250 osób, w tym 12 Amerykanów. Atak na USS Cole w październiku 2000 roku, w którym zginęło 17 amerykańskich marynarzy, powiązano z organizacją Al-Ka’ida Osama bin Ladena.
Od kwietnia do lipca 1999 roku CENTCOM przeprowadził ćwiczenie , którego scenariusz koncentrował się na obaleniu Saddama Husajna jako dyktatora Iraku. Ćwiczenie odbyło się w biurach w McLean w Wirginii. W wyniku ćwiczenia uznano, że jeżeli nie zostaną podjęte odpowiednie środki, po obaleniu Saddama Husajna nastąpią „fragmentacja i chaos”.
Zamachy z 11 września 2001 roku w Nowym Jorku i Waszyngtonie skłoniły prezydenta George’a W. Busha do ogłoszenia wojny z terroryzmem międzynarodowym. Wkrótce CENTCOM rozpoczął Operation Enduring Freedom, aby obalić rząd talibów w Afganistanie, który dawał schronienie terrorystom z Al-Ka’idy i umożliwiał funkcjonowanie obozów szkoleniowych terrorystów.